На период организации и становления Института Президиумом РАН был назначен директор-организатор Института член Президиума РАН академик Гуляев Юрий Васильевич, который возглавлял Институт до декабря 2009 года.
С декабря 2009 года постановлением Президиума Российской академии наук от 22 декабря 2009 г. за № 324 директором института избран член-корреспондент РАН Сауров Александр Николаевич.
Основной целью Института является изучения проблем и перспектив развития нанотехнологий микроэлектроники, подготовки на этой основе аналитической, статистической, методологической и прогнозной информации для руководства Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, РАН и органов государственной власти Российской Федерации.
В соответствии с указанной целью Институт осуществляет свою деятельность по следующим основным направлениям:
1. Институт нанотехнологий микроэлектроники Российской академии наук (ИНМЭ РАН, директор - академик РАН Сауров А.Н.).
2. В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15.05.2018 № 215 "О структуре федеральных органов исполнительной власти" и распоряжения Правительства Российской Федерации от 27.06.2018 № 1293-р Учреждение передано в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации:
- осуществляет функции и полномочия учредителя, а также функции и полномочия собственника федерального имущества ИНМЭ РАН;
- утверждает программы развития ИНМЭ РАН;
- формирует и утверждает государственные задания ИНМЭ РАН на выполнение работ;
- проводит оценку эффективности деятельности ИНМЭ РАН.
3. Научно - методическое руководство деятельностью ИНМЭ РАН осуществляет Российская академия наук (отделение нанотехнологий и информационных технологий), которое заключается:
- в участии в формировании программы развития ИНМЭ РАН;
- в участии в формировании государственного задания ИНМЭ РАН на выполнение работ;
- в осуществлении оценки научной деятельности ИНМЭ РАН.
4. Структурно ИНМЭ РАН состоит из тематических отделов, научно- исследовательских лабораторий, обеспечивающих отделов и подразделений.
5. Источниками финансирования ИНМЭ РАН являются:
- субсидии на выполнение государственного задания за счет средств федерального бюджета;
- приносящая доход деятельность в соответствии с Уставом ИНМЭ РАН.
6. Заказчиками работ ИНМЭ PAН являются:
- Министерство науки и высшего образования Российской Федерации;
- Российская академия наук;
- Российский фонд фундаментальных исследований.